清王朝对新疆的统一是从武力讨伐准噶尔时开始的。清王朝对准噶尔的讨伐最初也并没有想到利用屯田解决军队的粮食供应问题，而是采取了长途运输的办法，结果不仅难以保障军事行动的需要，而且花费甚巨。“率以百二十金致一石，且或后期苦不继续”。为了解决这一困难，康熙大帝借鉴前代的经验十分英明地采取了屯田的措施。屯田的开设为军事行动提供了3万余石粮食，能够满足当时西路清军五个月的粮食需求。如以一石粮食由内地运输至新疆需银一百二十两计算，那么从东蒙古移居到新疆的巴里坤、吐鲁番两屯区即为清王朝节省了银近四百万两。屯田不仅仅是节省了费用，更重要的是它可以及时满足军队马匹、羊肉和粮食的后勤供给需要，使清军最终摆脱了第一次进攻准噶尔时因粮食难以继续而丧失战机的困境。可以说，清王朝和准噶尔的战事持续了六十年之久，如果没有新疆屯田作为基础，清王朝是难以维持如此之久的战争，更不用说取得长治久安的最后胜利了。