由于上证５０ETF基金每天均必须保留一定比例的现金（这一比例一般在百分之五左右）以备投资者赎回等，因此，上证５０ETF基金并不可能做到绝对百分百的复制指数，再加上其他一些因素，比如权重股的长时间的停牌（之前长江电力就曾经停牌长达一年之久，感兴趣的投资者可以参考作者《从长江电力看ETF的事件套利模式》一文）、不同交易市场及不同交易品种的时间差等等因素，均可能导致上证５０ETF基金的交易价格与其实际净值之间产生一个价差，从而为套利的投资者提供一个套利空间，当然，这种套利的空间一般来说均不大，而且由于套利者众多，因此，机会稍纵即逝，投资者相当难以把握。因此，尽管规则并没有限制普通投资者进行这种套利（上证５０ETF基金仅仅只规定了投资者每一次的申请赎回的份额不得低于１００万份基金份额），但一般来说，普通投资者是不适合这种套利的。
上证５０ETF基金的套利交易过程涉及的申购赎回交易，需要通过参与券商进行，而且必须是由华夏基金管理公司认定的一级券商才可以。投资者通过参与券商向基金管理公司提出申购赎回申请，以基金管理人在每个交易日公布的申购赎回清单中的基金股票篮申购上证５０ETF基金的基金份额，或者赎回上证５０ETF基金份额换取对应的一篮子股票。
一般说来，上证５０ETF基金存在以下两种套利机制：当上证５０ETF基金二级市场价格高于基金的单位净值时，这时投资者可以买入基金股票篮，然后将这一篮子股票申购基金份额，并将基金份额在二级市场卖出；当基金二级市场价格低于基金的单位净值时，投资者可以在二级市场买入基金份额，然后向基金公司申请赎回基金份额，同时将赎回获得的基金股票篮（即股票）卖出。基金二级市场价格与单位净值之间的差额再扣除相关的交易费用即为投资者的套利收益，而投资者的套利活动将缩小基金的二级市场交易价格与单位净值的差异。
下面我们可以以一个简单的实例，来看看上证50ETF基金的套利交易是如何进行的。
假设现时上证50ETF基金二级市场交易价格每份为１.２３元，而投资者根据基金管理人发布的申购赎回清单，估计上证50ETF的实际净值应为１.２５元，即其交易价格低于其单位基金净值，存在套利机会。这时投资者可以选择进行套利，其套利交易的全过程大致为：
第一步：投资者在市场上买入１,０００,０００份上证50ETF基金单位，并成交。
第二步，投资者以买入的基金份额即时向基金公司提交赎回申请，赎回１,０００,０００份上证50ETF基金单位,交易所接受申请，创设特殊基金股票篮并计入该投资者的相关账户。
第三步，投资者随即将赎回的股票篮里的股票卖出并成交。至此，投资者的这次套利交易即告结束。
完成以上所有的套利交易程序之后，投资者理论获得的套利交易利润（毛利）约为２０,０００元（即１,０００,０００×（１.２５－１.２３））。
我们也可以假设是另一种情况，即上证50ETF基金的二级市场价格高于基金单位净值时，我们假设现时上证50ETF基金二级市场价格为１.２５元,而投资者根据基金管理人发布的申购赎回清单,估计ETF基金的实际净值应为1.23元，二级市场价格高于其单位净值，存在套利机会。投资者套利的全过程为：
第一步，该投资者发出基金申购指令，购买价值约为１,２３０,０００元的一篮子股票，然后通过参与券商向基金管理公司提交申购申请，购买１,０００,０００份基金单位。
第二步，交易所接到基金管理公司的指令以后即冻结投资者账户下已有股票篮，并创设特殊基金份额１,０００，０００份，计入该投资者账户。
第三步，投资者随即在二级市场上以１.２５元的价格卖出其申购的１,０００,０００份基金单位,收入款项１,２５０,０００元，完成套利交易，其理论套利交易利润同样也为２０,０００元。
投资者需要注意的是：一，这种套利交易现时一般是通过电脑程度自动瞬间进行的；二，上述交易并没有考虑交易成本和价格冲击成本，如果加入这些成本，实际利润会低于理论套利交易利润。
由于套利交易机制的存在，如果５０ETF基金二级市场价格与基金净值的差别达到一定程度以后，套利交易者的套利交易将推动５０ETF基金二级市场价格不断向基金净值靠拢，直到套利交易利润不能弥补交易成本为止,套利行为自动中止。
从上面的套利交易来看，尽管政策并没有限制或者不允许中小投资者进行５０ETF基金套利，但是中小投资者由于条件所限，一般是无法进行这种套利交易的。不过，从另一个角度看，虽然中小投资者不大可能亲自进行这种套利交易，但却可以享受机构投资者套利操作的好处，即可以买卖相对平价（折溢价很低）的ETF（即市场处于我们上说的第一种情况时卖出基金份额，而在上述第二种情况时买入基金份额，从而坐等套利者抬轿），实现指数投资股票化的目的。
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