煤化工废水中含有难降解有机物，经过生物处理后，废水中仍残留一些生物不能降解的有机物，该难降解有机物的存在使废水出水COD 或色度难以达标，所以必须进行后续( 或深度) 处理。所谓后续处理是指为了使处理后出水达标排放而采取的处理措施，而出水需要回用采取的处理措施叫深度处理。后续( 或深度) 处理方法一般有混凝、吸附、高级氧化等，而膜技术往往用于深度处理。如神华煤直接液化项目的高浓度废水采用“活性炭吸附池－混凝反应池－过滤吸附池”进行后续处理，出水达到一级排放标准。韩超采用“砂滤－O3氧化－MBＲ/粉末活性炭( PAC) ”组合工艺对煤气废水进行深度处理，出水回用至循环水系统。
煤制甲醇废水处理：目前，煤制甲醇在煤化工生产中占有一定比重，其废水处理也越来越受关注。SBＲ 处理工艺以其独特的优势已被广泛应用于甲醇废水的处理中，逐步成为甲醇废水处理的专用工艺，该技术经过技术改进，深度处理已能够实现废水的资源化和再利用。西北某煤化工企业的煤制甲醇废水采用物化预处理( 混凝去除SS + 投加磷酸除Ca2 + ) +SBＲ，废水水质为COD 850 mg /L，氨氮399 mg /L，SS129 mg /L，在反硝化阶段投加粗甲醇以补充碳源，出水COD 38. 5 mg /L，氨氮5. 2 mg /L，SS 35 mg /L。兖矿国泰化工有限公司产生的甲醇废水采用SBＲ工艺处理，适时地补充磷源、碳源、碱度，保证系统运转良好，进水COD 在800 mg /L 左右，氨氮200 mg /L，出水COD 37 mg /L，氨氮3. 3 mg /L，去除效果较好。