我们可以把制药废水物理处理方法分为过滤法和吸附法。其原理十分简单，通过一些特有的物理介质（能吸附和阻断物质）来对废水中的残留物进行分离，使水中残留物大大减少。在分立完之后，这些被分离的物质会在残留在物理介质里，这些残留的物质还能进行进一步的的处理。
膜分离法：在过滤的处理技术中，膜分离法是最常被用到的。膜分离法，就是使用隔膜，通过隔膜的分离作用，让水跟溶质或颗粒物分离。根据制药废水的不同，又可以把膜分离法分为渗析和渗透。
吸附法：在物理法当中，吸附法也是经常被用到的处理技术。在吸附法中，活性炭是一种主要的介质。活性炭具有很多孔，在它的表面有很多很细的微孔，正是由于这些原因，活性炭在所有物理介质中，它的吸附能力是最强的。根据活性炭上微孔的大小，我们可以把活性炭分为三种类型：微孔、过滤孔和巨孔。粉末状活性炭、颗粒状活性炭、生物活性炭是主要被用到的活性炭种类。活性炭主要是通过物理吸附来吸附物质的，所以对于各种不同的变化也非常强的适应性，对水中相对分子量在500~ 3 000的有机物如消毒副产物、农药、放射性有机物以及重金属等具有明显的去除效果。
除了膜分离法和吸附法，物理处理法还有气浮和吹脱法。这两种方法，主要是用于工业废水的预处理，多用于脱除水中的溶解性气体和易挥发组分，使用的设备以各种形式的填料塔和板式塔为主。气浮法的运行成本十分廉价、操作的方法也是简单易懂，但是受温度、pH值等外界的影响很大，所以很不稳定，不是最佳的选择。