提取类制药废水包括从母液中提取药物后残留的废滤液、废母液和溶剂回收残液等。主要污染指标为pH、色度、BOD5、COD，SS、动植物油、氨氮、TOC 含量，急性毒性等。废水成分复杂，水质水量变化大，pH 波动范围较大。传统的处理方法主要为化学方法，目前较为理想的处理方法是物理、化学和生物方法相结合。中药类废水产生于生产车间的洗泡蒸煮药材、冲洗、制剂等过程。主要污染指标为pH、BOD5、COD，SS、动植物油、氨氮、TOC 和总氰化物含量，急性毒性等。该类废水有机污染物含量高，成分复杂，难于沉淀，色度高，可生化性好，水质水量变化大。采用生化法处理比较常见，通常为水解酸化、厌氧折流板反应器（ABR）、上流式厌氧污泥床（UASB）、序批式活性污泥法（SBR）等工艺的组合工艺。
生物工程类制药废水是以动物脏器为原料培养或提取菌苗血浆和血清抗生素及胰岛素胃酶等产生的废水。主要污染指标为pH、色度、BOD5、COD 和SS、动植物油、氨氮、TOC、挥发酚、甲醛、乙腈、总余氯含量，急性毒性等。成分复杂，COD、SS 含量高，水质变化大并且存在难生物降解且有抑菌作用的抗生素。多采用生物处理工艺，尤其以厌氧/ 好氧组合工艺为主。混装制剂类制药废水来源于洗瓶过程中产生的清洗废水、生产设备冲洗水和厂房地面冲洗水。主要污染指标为pH、BOD5、COD，SS、TOC 含量，急性毒性等。废水水质较简单，属于中低含量有机废水。常采用生物法处理，如生物接触氧化法、水解酸化+SBR工艺、气浮+过滤物化法等。