自上世纪九十年代初中国确立社会主义市场经济体制改革目标以后，由于“三公”原则的缺失，导致了中国市场经济运行中面临着诸多的问题和矛盾，具体言之，其主要包括以下几个方面：
1．市场经济运行的“公平”性原则在中国前期经济发展中没有得到很好地体现,其主要包括以下几方面内容:
（1）就市场投资机会的公平性而言，由于在中国市场经济运行中还存在着一定的行政干预现象，一些项目的投资还需要行政审批，其在一定程度上使市场经济条件下投资机会在市场主体之间表现出较大的不公平性。目前中国在石油、煤炭、铁路、金融等行业垄断特征较为明显，一些行业还带有较高的市场准入门坎和行政性审批限制，这些都在很大程度上使市场主体在投资机会选择上面临着较大的不公平。理论上而言，在市场经济条件下，市场主体不能通过资金自由流动的方式，实现投资机会的相对自由，市场就不会通过自由竞争机制的作用，发挥其在资源配置中的基础性作用，这必然会将使市场运行效率受到较大影响。从经济实践中来看，一些垄断性行业存在经营效率不高、经营机制不灵活等现象；一些垄断行业或企业依靠其自身的垄断地位，通过资源或价格垄断的方式，获取了高额垄断利润，并在某种程度上将这些高额垄断利润转化为行业或企业的内部福利。这些都在很大程度上影响了市场经济运行效率，其在使市场投资者面临投资机会不公平的同时，也使市场交易价格的确定不能实现真正的公平，从而使居民在国民收入分配上出现了相对不公平的现象。
（2）就市场交易价格的公平性而言，由于“三公”原则的相对缺失，目前在中国市场经济运行过程中，还在很大程度上存在着市场交易价格相对不公平的现象，其主要表现在以下几个方面：一是在市场经济运行中还存在着垄断价格现象，导致这种现象出现的主要原因在于中国经济运行中存在的行业垄断现象，一些行业或企业凭借其垄断地位，依靠制定垄断价格的方式，获取高额利润，而不是通过市场的连续交易和公平交易，来形成市场的公平交易价格。例如，目前在中国经济运行中存在的高油价现象、银行存贷利率差较大等现象，无不是不公平交易价格在市场经济运行中的具体体现；二是就生产要素价格的确定而言，在中国前期市场经济运行过程中，受劳资双方地位不对等以及劳动者权益保护措施相对较弱的影响，体现劳动力价格的工资明显偏低，一些劳动力工资不能准确地反映劳动力自身的价格，特别值得一提的是，在中国以廉价劳动力作为相对优势的经济发展战略中，劳动力工资还存在人为压低的现象，一些私人企业和外资企业通过片面压低劳动力工资的方式，获取了超额利润，这在一定程度上使劳动者在劳动力价格制定上存在着明显的不公平待遇，其一方面使劳动力再生产面临着诸多不利因素的制约；另一方面，也在很大程度上导致中国消费市场的相对疲软，使消费不能更好地发挥其对于经济发展的拉动作用；三是从中国市场经济运行的实际情况来看，追逐价格的差异正成为市场主体实现营利的一个重要方式，这种与市场经济条件下“三公”原则明显违背的行为，在很大程度上导致了当前中国经济运行中投机盛行，其一方面使中国经济发展面临产业空心化的压力；另一方面也使中国经济发展面临着一定程度的通货膨胀压力。此外，就不同市场主体之间的公平性而言，在中国城乡分割的经济发展条件下，农民工进入城市从事工业生产或服务，其在待遇上却不能享受城市市民同等的福利待遇，这在某种程度上导致了农民工市场交易价格的不公平。同样，在中国城市化进程中，由于部分地区还存在着对于农民土地价格补偿款过低的现象，其在很大程度上导致了城市化进程中在农民土地交易价格上的相对不公平，这些都对中国城市进程形成了较多的负面影响。
（3）就消费者效用的公平性而言，由于市场监管乏力以及一些地方政府对于GDP盲目追求的影响，在中国市场交易过程中还存在诸多假、冒、伪、劣产品生产和销售现象，这些产品的存在，一方面使市场诚信受到较大的影响；另一方面，也使消费者利益受到极大的损害。消费者通过市场交易的方式购买商品，不但没有获取商品的消费效用，反而获取的是商品负的消费效用，由于消费者在购买商品时付出相应价值却没有得到商品的消费效用，这对于消费者而言，是很不公平的。市场经济条件下消费者在消费效用上存在的不公平现象，严重地损害了市场诚信，极大地打击了消费者的消费信心，这显然是与发挥市场在资源配置中的基础性作用相违背的。