生物处理法是利用微生物新陈代谢功能，使废水中呈溶解和胶体状态的有机污染物被降解并转化为无害物质，使废水得以净化的方法，一般可分为好氧生物处理法和厌氧生物处理法两种。该方法在处理高浓度有机废水方面，以其处理费用低、处理效率高等优点被广泛采用。厌氧法处理淀粉废水，其最终产物是以甲烷为主的可燃气体，可作为能源回收利用；剩余污泥量少且易于脱水浓缩，可作为肥料使用；处理工艺运转费用低。在当前能源日益紧张的形势下，该方法作为一种低能耗，可回收资源的处理工艺日益受到世界各国的重视。近年来，厌氧发酵法处理淀粉废水主要有升流式厌氧污泥床(UASB)、厌氧流化床(AFB)、厌氧接触法(ACP)、两相厌氧消化法(TPAD)和厌氧滤池(AF)等。升流式厌氧污泥床UASB内的水流方向与产气上升方向相一致，一方面减少了堵塞的机率，另一方面则加强了对污泥床的搅拌混合作用而有利于微生物与进水基质间的混合接触及颗粒污泥的形成。该工艺不仅投资省、运行费用低、操作简便，而且产生可供利用的沼气，处理后的废水达标排放，获得较好的经济效益和环境效益。张振家等采用UASB反应器处理淀粉废水，具有容积负荷及去除率高等显著优点，在反应器COD容积负荷保持在10kg/(m3·d)以上时，COD去除率可达90%以上，有机氮去除率亦达80%，为后续处理打下良好基础。试验结果表明，微量元素在废水的厌氧生物处理过程中具有不可少或缺的作用，因此在厌氧处理过程中，必须充分重视厌氧反应体系对微量元素的需求，保证供给。胡威夷推荐了某玉米淀粉厂厌氧-好氧相结合的处理工艺，该工程成功地运用常温UASB生产工艺处理淀粉废水，并在常温条件下实现了UASB反应器接种活性污泥的颗粒化，在国内淀粉行业尚属首次。厌氧处理获得的沼气使整个污水处理厂能做到能源自给有余。李燕等采用上流式厌氧污泥床装置，对面粉厂中的淀粉废水处理进行了试验研究。取化粪池消化污泥经淘洗去杂后作为接种污泥进入UASB中，污泥量占UASB有效容积的1/3试验结果表明，用UASB处理高浓度淀粉废水是可行的，当淀粉废水的COD为 4 000至8000 mg/L时，COD负荷达4至5kg/(m3·d)处理效率可达90 %以上。厌氧流化床(AFB)该反应器内填充着粒径小、比表面积大的载体，厌氧微生物组成的生物膜在载体表面生长，载体处于流化状态，具有良好的传质条件，微生物易与废水充分接触，细菌具有很高的活性，设备处理效率高。栾金义等将生物流化床与接触氧化法相结合的复合生物流化床方法，使淀粉废水先经过流化的生物载体后再经填料层，处理北京某淀粉厂的废水，COD去除率达90%左右，废水可达标排放。该方法可使生物流化床技术与接触氧化法的优缺点相互补充，大大提高了处理效率。