1、 农民工的合法权益没有得到保障，如拖欠工资、工作环境恶劣、受人歧视、随意加班等。根据全国总工会的有关统计资料表明，目前我国各行业拖欠9800万农民工工资约1000亿，其中建筑行业所占拖欠比例为70%。“到福建晋江求职的几位贵州务工青年反映，他们的心理底线是每天工作10小时，月薪600元，但市场提供的岗位大多是每天工作12小时，月薪500元”，“一些企业劳动环境恶劣，加班时间长，不签劳动合同，不缴社会保险，导致了员工的高流失率”（国家劳动和社会保障部课题组：《关于民工短缺的调查报告》）。“2000年在广东惠州曾发生一起一个月工作500个小时，使得打工仔当场累死的事件。据了解，这家手套厂工人都长时间地加班，每个月里每个工人的平均工作时间要超过500小时。但工人的月工资最低只能拿到300元”（孙立平：《城乡之间的“新二元结构”与农民工流动》）。
2、 农民工工资增长过慢。“有关研究表明，珠三角地区12年来月工资只提高了68元。佛山不少企业外来工月工资在10年前就已达到600－1000元，但现在还是这个水平。而这些年来消费物价总体水平已明显上升，导致广东、福建等省实际工资水平的提高停滞不前甚至有所下降。目前广东民工的月平均工资比江苏低160多元；珠三角地区的最低工资标准，广州为510元，甚至低于山西、江西520元的标准，东莞为450元，深圳特区外来工最低工资扣除个人应承担的社会保险费后为 388元”（国家劳动和社会保障部课题组：《关于民工短缺的调查报告》）。
3、 进城务工成本不断升高。根据有关资料显示，农民工在城市里用以维持基本生活费用的增长迅速，这就大大提高了他们进城务工的实际成本。除此以外，一些政策性因素也是提高他们城市生活成本的重要因素。进入北京市务工的农民工办理年内有效的《暂住证》、《就业证》、《健康证》、《婚育证》、《职业资格证》等证件至少要开支450元（《财经》，2001年第10期）。今年上半年，深圳推进的“梳理行动”拆除大量违章建筑和窝棚，总计拆除的面积2382万平方米（《深圳特区报》，2004年6月13日），而这样一些窝棚恰恰是外来民工的聚集地，随着城市建设的现代化发展，农民工在都市的生存空间将受到压缩。
4、 工业扩张，对农民工需求扩大。以民工缺失严重的东莞市为例，根据2004年8月12日该市政府本年举行的首次新闻发布会上公布的信息可知，今年1—6月份，该市“完成生产总值567.1亿元，比去年同期增长19.9%；进出口总额293点亿美元，比去年同期增长26%。在经济整体呈平稳增长态势中，尤以吸纳外资增速过半百而引人瞩目。上半年，该市实际利用外资15.9亿美元，新签投资额超500万美元的项目有35宗，增资扩产项目2239宗”。故此，有人认为，经济的超速发展和工业的规模扩张，对农民工需求的扩大，在与民工供给增长出现相对差距的情况下，民工荒的爆发是势在必然。 农业部农村经济研究中心赵长保处长认为，“除非是今年对农民工的需求出现了‘井喷’式的增长，否则不应该出现大面积的‘民工荒’”。 就目前实际存在的民工荒问题而言，则可以逆向推理得到民工需求出现了井喷式增长。
5、 农民工供求出现结构性矛盾。这一结构性矛盾，从用工企业的角度上讲有主客两方面的原因。客观上，随着城市产业不断由劳动密集型向资本密集型、知识密集型转化，在岗位供给和劳动力供给之间出现了“知识断裂”（薛世君：中国青年报，2004年8月10日）。一方面新型产业需要具有相对技术含量的产业工人，而现实中出现的是农民工的技术水平相对落后，而且社会职业教育因为高收费而严重阻滞劳动力资源的素质提升，从而形成劳动力供求之间的“知识断裂”。主观上，各企业招工条件苛刻。在低劳动强度的企业，普遍倾向于招收性格温和易于管理的女工。年龄期限一般要求在18—25岁。在社会性别比例总体上男性多于女性，随着计划生育政策效果的凸显，新生代农民工数量下降的情况下，片面追求青年女工的招供标准是企业自己造成用工短缺的主观原因。
6、 民工流向成多元化发展。随着西部大开发战略的推进、中部崛起迅速，中西部农民工输出基地的安徽、湖南、江西、四川等地的城市也成了农民工的有力吸纳地。农民工流向出现新变化，不少原来在珠三角地区务工的农民工转向全国其他地区，农民工的流向的多元化趋势必然导致集中大量劳动密集型产业的地区在未做好产业结构调整前遭遇一定程度的民工荒。
7、 农产品价格提高，农民农业收入增加。“提高农产品价格”也是一柄双刃剑，一方面它可以提高农民务农的积极性，与中央今年一号文件的贯彻落实、人大通过的关于五年内取消农业税的决议一起综合为农民收入增加、负担将进一步得到减轻的良好期许，这对农民工回乡务农产生了重要推动作用。但另外一方面，农产品价格的提升，对于生活在城市中的农民工来说则大大增加了生活的成本或降低了生活的质量。所以农产品价格的提高可以构成农民工回乡的主动和被动的双重原因。
8、 劳动力市场不规范。“农民工在市场流动中实现的劳动力配置，确实与政府、单位计划管理没有太大关系，政府组织的流动仅占3%，而90%以上都是农民工自己或亲友运作的”（李强：清华大学社会学系，《当前我国城市化和流动人口的几个理论问题》）。虽然农民工的外出务工收入已经构成当地农民收入的主要增长点，是带动内地消费市场发展和产业发展的重要资金和人力资源，但是各农民工输出大省并没有对此有多少服务性作为，农民工的流动基本上一直处于自发的、自谋生计的状态之中，由于自发性总是与一定的盲目性相生，在供求之间缺少必要的信息沟通渠道和有效的组织行为是在农民工绝对供给量可以确保的情况下仍然爆发民工荒的重要原因。
另外，还有不少人提出了其它很有价值的分析，比如认为农民工的维权意识的提高、农民工群体的人口学构成发生了变化、中国农民相对易于满足的传统文化理念等，对于这些原因的给出，是一些更深层次的问题，比如说中国的农民的文化心理问题。作为中国传统文化主要脉系的儒、道、佛（释）三家，其中作为追求入世、积极进取的儒家思想更多地存在于作为上层统治阶级的思维中，而对于广大普通老百姓来说，更主要地儒道佛三家的融合（俞可平：《君子：传统文化的整合》，载于《青年思想家》1992年第2期）。道家的遁世无为的思想、佛家追求精神解脱与超越的思想往往都是导致一些农民在经济地位相对改善到不影响生存问题的情况下，就不愿意再图发展的深层文化渊源，这些都是作为当事人农民工自己也无从察觉的因素，甚至是在族类的集体无意识的作用下产生的，很难从实证的层面去加以分析，故不作细述。
对于以上八点主要原因的归结，仍然是表象的，它们仍然只是作为根本原因的结果而存在，也就是说这就需要我们进一步探寻形成诸如“农民工的合法权益没有得到保障”、“农民工工资增长过慢”、“进城务工成本不断升高” 、“农民工供求出现结构性矛盾”等原因的背后更深层原因是什么？