一、制度层面关于许可权与监督权分离的问题
　　现行文本中许可权与监督权分离或模糊。执法实践中是市级局对零售企业实施许可，县级局日常监管，事实上由于许可检查和认证检查的缺陷项目县级局不能及时掌握，经常出现已经取得许可和认证的企业不符合许可和认证标准的情况。这样，就形成许可权与监督权的分离。随着责任追究制度的日益完善，使监管失察的责任难以明确，或者存在模糊区域，不利于责任追究制度的落实，或者给相互推脱责任留下机会。
　　故建议按谁许可谁管理的原则增加一条明确监督权限和划分监管责任的条款，规定：由签发许可证的药品监督管理机关对其许可的药品企业负责监督检查。
　　二、无偿抽取药品问题
　　无偿抽取样品的规定，与上位法《物权法》明显冲突，故建议在第六十五条中增加： “并按市场价购买样品”、“所需费用由同级财政列支”。
　　相关分析详见《中国医药报》2008年 月 日《药品抽样应当按市场价购买》一文。
　　三、行政强制的授权范围
　　执法实践中曾遇到制造假药的仓库，相关物品在半个工作日内无法清点完毕，工作人员无法按时用餐，有碍查封、扣押措施的实施。
　　故建议将第六十五条第二款的“物品及其有关材料”修订为“物品及其有关材料和场所”
　　四、立法的逻辑漏洞弥补
　　现行文本的第三十四条和第八十条是一对行政秩序规定和违反者的责任。前者限定的“资质”对经营企业来说既包括“批发”资质，又包括“零售”资质。后者将“资质”的概念换成了“许可证”，未区别零售和批发。
　　这就带来了两个问题。一是就行文逻辑而言，与《药品管理法实施条例》第八十三条规定的“药品零售企业”和“药品批发企业”不能完全承续，存在漏洞。二是执法实践中，对医疗机构和药品零售企业从药品零售企业购进批量药品的行为只能引用到准确的违法条款，而引用处罚条款时经不起当事人的辩驳。这使得立法意图在执法实践中的效果大打折扣。
　　故建议：将第三十四条中的“资质”修订为“批发资质”。
　　五、药品经营企业的终止问题
　　现行文本之规定了开办和存续的全面监督管理，包括药品的购进和售出。对药品经营企业终止的，只做了行政程序上的规定，对残存的药品未作规定。市场规律作用下，企业终止是一种常态，有必要作出规定。
　　由于现行文本第三十四条的规定，药品零售企业终止后，其残存的合格药品没有企业可以合法的购进。从法理上分析，药品零售企业终止后，丧失的是药品的经营权，业主并不丧失其存有药品的物权，既依然有对合法财产的处置权。从构建和谐社会、节约资源、维护物权的角度出发，应当区别对药品的经营权和以药品为标的的财产处置权，维护当事人对合法经营期间取得的以药品为具体类别的财产处置权，对其处置合法财产留下出路。
　　建议：在第三十四条中增加但书：但是，药品经营企业、医疗机构一次性购进终止经营企业处置的药品除外。
　　六、关于《药品管理法》对医疗机构的调整界限
　　调查结果证明，我国的药品80%是通过医疗机构进入消费环节的，故加强对医疗机构的药品监督管理是重要工作内容。
　　现行文本对药品零售企业的设置条件、应尽的法律义务与医疗机构的药房形成强烈反差。形成这种局面的前提是医疗机构在取得《医疗机构执业许可证》的同时就取得了对药品的购进和使用权。这里存在以下几个问题：
　　1、默认的《医疗机构执业许可证》涵盖或包括《药品经营许可证》是否合理？
　　毋庸讳言，医疗机构有级别之分，最该级别的医疗机构和乡村个人设置的诊疗所都属医疗机构，如果说高级别的医疗机构人员资质、硬件和药事管理制度都达到药品零售企业的标准的话，个体诊所也必然达到吗？回答当然是否定的。据我们掌握的区域情况，通过个体诊所进入消费环节的药品数量远远大于零售药店。从药品流通的终端分析，我们在制度设计上已经放弃了主要渠道，盯住的是次要渠道。
　　2、关于重复许可的问题
　　为了确保公共安全和各自职责的履行，多重许可比比皆是。就药事管理制度而言，生产企业要经过行政许可和GMP认证；经营企业要取得行政许可和GSP认证，如果兼营食品，就药品零售企业的开办条件是高于食品经营条件的，但按《食品卫生法》还要取得卫生许可，按《食品安全法》还要取得经营许可。由此可见，为了各自行政管理目标的实现，多重的行政许可是必要的。
　　3.服务主体的公平性问题
　　药品零售企业提供的不仅是特殊的商品—药品，而是以药品为载体的公共健康技术服务；医疗机构提供的也不纯粹是技术服务，其服务载体之一的药品，在新医改之前有药品利润的取得，在新医改之后又有所谓药事服务费的收取。可见药品零售企业和医疗机构的药房具有相同的社会地位，二者提供的社会服务完全可以互相替代，具有同质性，区别在于零售药店全部划归纳税的企业，医疗机构认为的划分为不纳税的非赢利性和纳税的赢利性。这中间存在明显的国民待遇歧视。
　　为确实实现《药品管理法》的立法宗旨，对同质服务主体给予相同国民待遇，建议：
　　1、增加一条
　　医疗机构提供药品供应服务的，应当符合药品零售企业的开办条件承担与药品零售企业相同的法律责任，并按药品零售企业实施监督管理。
　　2、将第四十八条、第四十九条中的“禁止生产、销售” 许可修订为“禁止生产、销售、使用”
　　七、药品零售连锁经营企业的法律地位
　　作为经营方式，药品零售连锁经营应当既区别于批发又区别与零售，应当与零售和批发并列。建议：从法律层面对其许可作出设定。
　　 八、建议第十七条增加“查验经营资质，并记录，索取并存留交易票据”。将“执行进货检查验收制度”修订为“执行进货检查验收制度并记录”。