春天很快过去了，上天确实并没有显露出特别垂佑的迹象。黄河流域和畿辅地区都发生了严重的春旱，收成无望；江淮地区的旱情也在漫延，有些地方因为缺水根本不能插秧，只好把水田改作旱田。中原和西北地区已经饥饿了十几年的百姓们纷纷参加暴动，就连一向治安比较稳定的南直隶（今江苏、安徽）和浙江也出现了饥民揭竿而起的事件。在饥民的呼应下，李自成等部的农民军的攻势更猛。一月间，陕西三边总督汪乔年率3万大军出潼关进入河南剿杀李自成农民军。汪乔年这次出师颇为踌躇满志，因为在不久前他刚刚指示米脂知县边大绶把李自成的祖坟掘毁，破坏了李家的风水。他在听到边大绶报来的喜讯时高兴地说：“知闯墓已伐，可以制贼死命。”以为此战必胜。可惜最后被制死命的却是他自己。2月，两军在襄城激战，汪乔年部几乎被全歼，他本人被生擒后杀掉。三月，李自成部又攻克了豫东的大批城镇。张献忠部则在皖北一带活动，于四月攻占舒城，并改舒城为得胜州，设立六部尚书等官职。豫、皖两地的民众对农民军热情欢迎，许多地方的百姓刑羊载酒犒劳农军。

　　四月里，松锦之战终于有了大结局，松、锦、塔、杏4城全被清军占领。这虽是意料之中的结果，但败讯初闻，还是让崇祯帝感到一种不寒而栗的震惊。震惊之余他唯一的办法是向内阁和全体朝臣发布了一道上谕，再一次宣布要“治理维新，廓然更始”。在这道上谕中他作了少有的自我批评，说自己“求治之心虽然殷切，实施政令却不得要领”。所以“虽有深切忧民之心，却不能将恩德普施于天下。致使村社凋敝，灾害频仍，兵火纵横，中原涂炭。……这些全是朕德化不敷，声灵不振所致”。为了弥补这些过错，他决定再一次下诏罪己。但接受了以往的教训，他也提出了“空言无补”，觉得应该在罪己诏书中提出一些切实可行的能够解决问题的措施。至于如何解决问题，他已经想不出什么特别有效的办法了，因此他要求各部门的大臣、小臣，“凡有可以利民之事，救时之方，裨助政治之规条，弥补朝廷之阙失者，须实实开列项款，送内阁汇奏”。他表示要把其中确有意义的内容采入到自己的罪己诏书中，并且见诸实施。

　　皇帝在这道上谕中所表达的急于求治的诚意和深切的自责精神是前所未有的，由于上谕是公开向群臣发表的，而且通过邸报很快就传遍了天下，因而确实在一部分臣民中引起了一些震动。但这种震动同崇祯帝本来希望的某种戏剧性效果比起来就远远不够了。一些朝臣上疏说了些感动激奋的话，一些朝臣对朝廷面临的严峻问题提出了些应急的办法。但那些办法仍然是迂阔无用的居多，切实可行的极少，因而朝廷的大事还是在一天天坏下去。

　　陕西总督汪乔年在襄城被俘身死后，一直作为围剿农民军的主力之一的西北军没有了统帅。崇祯帝在认真斟酌了可能的人选之后，决定重新任用原陕西巡抚孙传庭。

　　孙传庭自崇祯9年（1636）出任陕西巡抚起开始主持一方的围剿，而且表现出不同寻常的干才。但这位能干的统帅又是一个极其傲慢自负的人，也是少数敢于抵制崇祯帝的自作聪明的大臣之一，因而很不讨崇祯帝的喜欢。为此他付出了代价，崇祯12年（1639）先是被撤职，而后又被逮捕，关在刑部的天牢中，一关就是两年多。直到崇祯14年（1641）末，首辅周延儒几次提出孙传庭人才难得，希望皇帝能赦免孙传庭委以重任。崇祯帝也感到几个堪为任用的军事人才如杨嗣昌、洪承畴、傅宗龙等人死的死，被困孤城的被困孤城，也确实亟需像孙传庭这样的人，因而将他开释，起用为兵部侍郎。他还在文华殿召见了孙传庭，向他讯问平定内乱的方略。孙传庭对于天下大计从来有一套自己的见解，对皇帝侃侃而谈。大概是因为在狱中关得久了，不了解天下大事已经败坏到何等地步，也不知道农民军的实力已经远远超过当初，他还在皇帝面前夸下海口说，只要有5000精兵，就足以破贼。崇祯帝是第一次单独召见孙传庭，很有些相见恨晚的感觉，立即命他率领京营部队前去解救正在被围困的开封。李自成却已经自解开封之围，转而攻打堰城、襄城，消灭了汪乔年部。在这种情况下，也只有一个孙传庭最合适担当陕西总督的重任了。

　　这时候在中原对付农民军的名义统帅是7省督师丁启睿，但此公庸碌无能，任职以来毫无作为。崇祯帝任用孙传庭，实在是把他当成围剿农民军的中坚人物。孙传庭对于皇帝的信任也颇为感动，入潼关后就招集西北诸将，杀了颇有实力但一直不服从调遣的总兵官贺人龙，把贺部万余人全部收作自己的标兵。各路将领震慑于孙传庭的威严和名望，一时都还驯顺，陕西军团成为当时帝国唯一一支有强大战斗力而又听从朝廷调遣的主力部队。崇祯帝对孙传庭的表现也十分满意，多次降谕嘉奖，并且把一举歼灭农民军主力的梦想全都寄托在孙传庭身上。

　　在布置围剿的人事安排的同时，对清朝的和谈也有气无力地继续着，这至少给了崇祯帝一点虚幻的安全感。惊魂稍安，他又集中精神全力抢修帝国朝廷这只千疮百孔的破船。在发布“治理维新”上谕之后的四、五月间，他接连召见群臣，对各方面的政务进行商讨，提出新的要求。

　　对付内乱与外患需要大批精兵，就要整顿部队，操练士卒。在这个问题上，他首先想到了京营的禁军，在召集有关官员会议时提出从京营中选拔出5万精兵，重新编营操练。主管京营的兵部侍郎吴甡说：京营本来就应该是精兵强将，由于承平日久才出现老弱病残充斥，不堪一击的现状，与其重新立营，不如就在京营中裁汰老弱，选练精壮。他还提出了任用得力将领、对士卒进行考核选拔等具体办法。崇祯帝听了很高兴，同意让吴甡照此办理。但这次训练京营的计划后来还是成了一纸空文，到第二年吴甡本人被任命为督师，想要集中3万人马，京营却还是无有可用之兵。

　　对于让崇祯帝头疼了十几年的财政问题，由于天下民力已竭，开源大体无望，他只能再从截流方面想办法。他针对各地簿籍上有兵额而调用时却没有兵的情况，要求户、兵两部对各处兵丁人数进行彻底清核，以后一律按实有人数支取粮饷，以节约开支。他还要求各地将向来拖欠中央的应缴钱粮迅速结算交清，要户部拿出具体办法。但在朝政一片混乱的情况下，崇祯帝的这两个措施同样没有被执行，财政状况依然在急剧恶化。

　　除了练兵、理财这样的重大机宜之外，崇祯帝的“新政”还包括一些不太重要却也能显示少许新气象的方面。他要求刑部及各地方官对于全国的在押囚犯进行一次大清理，对那些案情可疑或是情有可悯的案犯或取保假释，或减刑免刑；对于追赃的犯罪官员，大部分可以查明宽免，或全豁，或减半。为了表示朝廷的恩典和对人才的渴求，他还决定增加了各地乡试中举的名额，两京13省共计增额122名。此外，还作了一些礼制方面的改革，均属无关痛痒。

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