崇祯帝先后共有7子6女，其中第二子、第五子、第六子、第七子和四个女儿都幼年夭折，到甲申之变的时候还活着的有16岁的太子朱慈烺，13岁的三子定王朱慈灿，12岁的四子永王朱慈焕，以及长平公主和昭仁公主两个女儿。尽管同为皇帝亲生的金枝玉叶，在危急时刻不同的性别却有着绝不相同的命运。女性是要清白的，因而崇祯帝残忍地用剑砍死了幼女昭仁公主，斫伤长女长平公主。长平公主被砍断手臂，却侥幸没有死。李自成进宫后，见到奄奄一息的长平公主和同样是被崇祯帝砍伤的袁贵妃，觉得很可怜，就让人把她们各自送到本宫调养。袁氏后来辗转流落民间，到清初北方局势平定后才被京南雄县的地方官发现，送交给清廷。清王朝对这位前朝贵妃并不重视，交发有关部门“恩养”。袁妃又过了几年才死在北京。长平公主后来则被送到外祖父周奎的家中，数月之后伤势才逐渐好了。

　　3个皇子的经历却要比公主复杂得多。三月十九日那天凌晨，太子和两个弟弟随着太监仓惶出逃，但都没有逃脱掉。3兄弟本来是分别出逃的，但引导的太监们见到大势去矣，无处可逃，也不敢隐匿皇子，于是或把他们弃置在街巷上不顾，或是直接向大顺军出首把他们献给大顺军，因而在十九日当天3兄弟就全部落入大顺政权的手中，又聚在了一起。当时3个人都换上了民间的破旧衣服，帽子上也贴着“顺民”两个字，吓得要命。李自成要他们不必害怕，把他们交刘宗敏营内看管。3位殿下对新的身分却很难一下适应，谈起李自成和大顺军的时候，仍然按照当初在宫里惯用的称呼，叫做“贼”。原任大学士邱瑜听到了很担心，悄悄用笔在手上写了：“今后勿言‘贼’字。”让几位皇子千万不可口没摭拦。

　　李自成对崇祯帝的几个儿子还是很宽厚的，进入北京几天以后，封太子为宋王，定王、永王二兄弟也改封为公爵。从政治的角度来看，这3个男孩子是一宗很重要的战利品，对于安抚民心，招降故明官员，乃至于平定天下，都能起到积极作用。当然也有消极的作用。大顺军占领北京后多次发现传单，声称大明气数未尽，“将立东宫为皇帝，改元‘义兴’元年”，就把太子当作反对大顺政权的旗帜。

　　到四月份，山海关的吴三桂公然打出了对抗大顺政权的旗号，击败了大顺军的唐通部。李自成、刘宗敏在十三日率领大军出京征讨吴三桂，在出行的队伍中也带上了太子3兄弟，还有吴三桂的父亲吴襄等人。李自成带上这几个人出征作战，显然是把他们当作人质。吴襄是吴三桂的父亲自不必说，太子朱慈烺三兄弟作为故明遗胤，有着重大的政治象征意义，由于吴三桂在讨伐李自成的檄文中发誓要“克复神京，奠安宗社，乾坤再整，日月重光”，表现出对于明朝无比忠心，因而李自成希望用太子们证明他对于故明的宽仁态度，也想利用太子最后一次要挟吴三桂投降就范。

　　但这次出征却成为大顺军失败的起点。在山海关外的大战中，李自成没有想到吴三桂已经同清军联盟，因而在突然遭到清军冲击的时候大惊逃窜，导致全军的大溃败。李自成带着败军一路向北京撤退，为了缓解吴军和清军的追击，特派人到吴三桂军中议和。吴三桂当即表示：只要能归还太子和二王，迅速离开京师，就可以暂时罢兵，却没有提出交还其父吴襄作为交换条件。这表明当时太子的价值之大。以吴三桂的如意算盘，掌握住太子，在驱除李自成之后拥戴太子即位恢复明王朝，他本人将建立不世之功，同时也将拥有超乎寻常的地位和权力。李自成已经同意了吴三桂的议和条件，但清军统帅多尔衮却对这些丝毫不感兴趣，逼迫吴三桂继续穷追不舍。李自成大怒，在永平附近杀了吴襄，并把吴襄的首级挑在竹竿上示众，却没有伤害太子3兄弟，一直带着他们撤回北京。

　　李自成在四月二十六日回到北京，二十九日在武英殿正式举行了即皇帝位的典礼，当天夜里下令放火焚烧了宫殿，三十日清晨又挟着太子和二王撤离北京。自闯王进京至离京，前后四十余天，太子和两个弟弟一直在大顺军的掌握之中。这段日子他们过得相当狼狈，却没有受到什么伤害，只是乱离中随着军旅东西奔簸，身体的劳累和心中的惶恐都是他们从来没有体验过的。

　　撤离北京之后的大顺军完全乱了阵脚，接连在庆都（今河北望都）、真定等地战败，队伍散乱，军心摇动，军中锱重都顾不上收拾，经常散落在荒路田野里，对那些随军看押着的故明太子等人更是无暇多顾。民间传说都认为太子和他的两个弟弟已经死于乱军之中，南京弘光政权还正式为3兄弟定了谥号，进行了祭奠。但实际上，朱慈烺3兄弟竟然在这种混乱之中，分别逃脱出来，各奔东西，自谋生路。

　　在3兄弟中，16岁的太子朱慈烺运气最差，他在逃离大顺军营之后又被一支不知什么队伍抓到。但这一次他把自己的太子身分隐瞒得很严，抓他的人只是把他当成一个临时夫役，让他打草喂马。又过了两个月，他才再次逃亡。不知是出于什么样的想法，他在得到自由之后回到了清朝统治下的北京。有人传说，这位太子先是在一个穷苦人家或是一个尼庵寄居下来，观察时局并且打听家中幸存亲人的下落。他听说外祖父周奎一家都还平安无事，而妹妹长平公主也没有死，现在就养在周奎家。他还听说清朝为他的父亲补行了哭临礼，还给与了庙号谥号。这些情况大概使他误以为清朝也会给他相当的礼遇，至少也应该像大顺政权那样封一个王吧。于是在十一月间，他投奔到外祖父周奎家，不再隐藏着自己的身分。

　　周奎和他的儿子周绎都是胆小怕事的势力小人，初见太子出现，一时不知所措，就把他接进府里，还按照明代的规矩对他行了君臣大礼。在周府养伤的长平公主见到失散了半年多的大哥，不由百感交集，两个人相拥抱头痛哭。太子在周府住了两天，风声传了出去，邻近的许多居民送来酒食礼品表示慰问。这下子周奎和周绎坐不住了，但也不知应该如何处理，只好请来现在在清宫中服务的前明太监商议。商议的结果是留太子在府，凶多吉少，必须赶快驱逐。于是就由周绎出面，劝太子离去自谋生路，而且千万不要说明自己是崇祯太子。太子终究有些太子脾气，对外公、舅舅这种不客气也不讲君臣大义的行为十分气愤，竟拧着不走。周绎于是乎詈骂、推搡，甚至动手打了太子。太子更加愤怒，在周家大门外争吵不休，惊街动巷，连负责地方治安的巡捕也知道了。事已至此，周奎只得正式向官府举报。

　　崇祯太子已有多日下落不明，如今突然再现，引起了相当的轰动。特别是一些入仕清朝的汉族官员，大多怀着一种很微妙的心理，希望这出现的真是崇祯太子，而且希望清朝能够善意地对待崇祯太子。部侍郎沈惟炳在奏章中就明确表示：“如其真也，是先帝之所默拥也。清朝宽仁厚德，加意先朝，上谥发丧，备极隆盛。今日命将出征，代先帝除凶伐暴，又何嫌何疑于其子，不以备三恪之后祀，为先帝存此一线哉？”用的虽是虚拟语气，意思其实是肯定的，认为崇祯太子遭逢丧乱而仍能存活，实属大幸，一定是崇祯帝的在天之灵保佑的结果。他还以为，清朝已经表现了对故明的宽仁厚德，入关建国都是代崇祯帝除凶伐暴，没有必要担心太子的出现会造成不利于清朝的影响。这是给清朝统治者一点宽慰，希望他们不要为此紧张。

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