一个月之后，周延儒进京任首辅。一个坚定反对东林和复社的首辅的被杀与一个被复社一手推出的首辅的任职，标志着东林党人在政治上大复兴的开始。在这以后不太长的一段时间里，东林党人大为意气风发起来。

　　周延儒还是很讲信誉的，入阁后就一改前几任首辅的作法，努力劝说崇祯帝任用东林，推行新政。崇祯帝对于几年不见的周延儒也很有些一往情深，第一次召见的时候，就握住他的手殷殷问候，赐宴的时候还亲自做主人参加。（杨嗣昌出征时也没有得到过这样的优遇。）回到宫里，崇祯帝仍然非常兴奋，对身边的内侍说：“还是他！”就好像迷路的商旅突然见到了一匹途的老马，下一步如何行动总算有了依靠。

　　这匹老马给崇祯帝开的药方其实并不算新鲜，无非是多少年来东林党人一直在呼吁、在努力争取的几项大政。周延儒在再次入阁后首先提出，宽免民间多年积累下来的脱欠钱粮，并且免除战乱和大灾地区今明两年的现税；作为江南士绅的代表人物，他还请求暂缓大水成灾的江南和浙北苏州、松江、常州、嘉兴、湖州五府的秋粮，改为明年夏季补足。崇祯帝对这些建议都一一批准了。这些措施虽然不可能根本上解决民间饿殍遍野的惨痛，但毕竟是一种宽解人民灾难的“德政”，至于进一步增大的财政亏空如何填补，周延儒和他的东林后台们却暂时想不出什么好办法。

　　另一项重要举措是限制厂、卫权力。周延儒提出，厂、卫四出侦辑造成人心惶惶，并且制造了大量冤假错案，请罢除厂、卫辑事制度，厂、卫只接受处理皇帝指定办理的钦办要案。这个作法得到了京城全体官绅和市民的热烈拥护，因为从此免除了总是压在心头的一重特务统治的阴影。但东厂和锦衣卫的上下人等却因此失去了大部分权力和可观的经济收入，对周延儒和他背后的政治势力恨之入骨。

　　最关键的一项新政还在于人事方面。周延儒很讲信义，当政之后就根据复社开的单子，一面推荐东林骨干担任要职，一面解救正在待罪狱中的东林党人。出过一万两银子的大股东侯恂不久后被释放出狱，重新安排了职务。另一个著名的东林理学大师黄道周的案子也在周延儒的劝解下得到了让东林党人比较满意的了结。

　　黄道周在崇祯11年（1638）被贬到江西之后，本来已经脱离了朝廷的是是非非，但崇祯帝对于这个敢于肆无忌惮地当面顶撞自己的人却一直不能忘怀，心中的一口毒气也始终没有消释。崇祯13年（1640）初，江西巡抚解学龙按例荐举所部官员，列黄道周为一等，并大加推奖。崇祯帝得知了这个情况，一下子记起了旧仇，突然以党邪乱政的罪名将黄道周和解学龙同时罢官削籍，命逮至京师下刑部狱。两个人被押解进京后，先是被廷杖80，而后由刑部严刑拷问，追查党羽。黄道周和解学龙只能交待出一些平时交往较多的好朋友，于是翰林院编修黄文焕、吏部主事陈天定、中书舍人文震亨等一批在京官员也被牵连入狱。户部主事叶廷秀上疏论救，被廷仗100，削籍，系狱。刑部尚书李觉斯因为拟罪偏轻，被罢职除名。一时间，解学龙荐举黄道周这样一个无所谓罪行的案件竟成了牵扯面极广，让朝野官绅人人自危的一件大案。

　　周延儒入值后，崇祯帝为了这个拖了一年多的大案咨讯过他，他趁机为黄道周说了不少好话，崇祯帝渐渐有些回心转意。接替李觉斯任刑部尚书的刘泽深受到周延儒指点，在这时上疏论黄道周案，认为解学龙和黄道周定罪永戍已经是最高惩罚，再重就是死刑了，但从来没有律条标明因为建言之罪而处死刑的。疏中说：“陛下所怀疑的是朋党。然朋党必见诸行事，黄道周抗疏只是空言，一两个知交好友都因之被罢斥，哪里见到所谓朋党，用得着为此动用朝廷大法吗？”仍以李觉斯主持拟定的永戍作为结案。这一次崇祯帝批准了刑部的定案，黄道周和解学龙分别被遣戍。第二年，崇帝有一次慨叹人才的缺乏和时世的艰难，对周延儒说：“怎样才能得到像岳飞那样的人才呢？”周延儒趁机回答：“岳飞虽是名将，但其破金兵的事，史书上也有许多溢美之处。就像黄道周的为人，将来传之史册，也不免会写上：‘其不被任用，天下惜之！’”这番话让崇祯帝默然良久，最后同意免除黄道周之罪，恢复其少詹事故官。

　　另一件拖得更久的案件，就是复社集众结社案，也在周延儒手中了结了。复社为了周延儒的再相出力最多，当然要收回立竿见影的效果。在周延儒主政后不久，御史金毓峒等人再论复社事，希望朝廷鼓励学子聚会讲学，切磋圣道。周延儒为皇帝拟旨：“朝廷不以语言文字罪人。”复社从此取得了合法地位。可惜到这时候，复社的领袖人物张溥已经病逝，群龙无首的复社再也没有什么大的作为了。

　　一批东林党人被解救，另一批东林党人纷纷登上显要之职。在周延儒的推荐下，在崇祯14年（1641）末到15年（1642）初，东林要人郑三俊、刘宗周、范景文、倪元璐、李邦华、徐石麒、张国维等人或起自废籍，或得到提升，先后出任六部尚书、侍郎和都察院主官，朝廷中东林布满九列，几乎成了他们的一统天下。东林人等也兴奋得摩拳擦掌，想要趁此良机，大干出一番事业来。

　　但所谓良机其实只是一座可望而不可即的海市蜃楼，天下事已大坏，朝廷政局已大坏，要力挽狂澜已经绝无可能。周延儒被推举上台的方式本身就标志着东林党人对自己政治原则的背叛和东林政治的腐败。阉党的大股东们在周延儒上台后得到的实惠不多，只有一个阮大铖的密友马世英被从废籍起用为凤阳总督，阉党为此对东林党人以及周延儒本人都更加怀恨在心。作了大官的东林党人和气焰冲天的复社人士沿着通关节、走内线的路子走下去，一向标榜的廉洁清正之风也几乎荡然无存。最为怪异的是，剔除了厂、卫侦辑的劣政之后，反而给官僚们肆意营私大开了方便之门。在崇祯朝的最后一段日子里，朝政的腐败，官员的贪黩贿赂、推诿责任、党同伐异，都到了无以复加的程度。

　　身居首辅的周延儒本人正是这种腐败政治的代表。他是个极聪明又极圆滑的人，从来以原则性不强著称，重情面而少争执。对于求他办事求他通融的人，只要能帮忙他就尽量帮忙，送他多少贿赂都不拒绝，给得少也不嫌弃，门人亲故作中间人扣下贿赂中的一部分甚至大部分，他也从不过问。这种宽松的态度造成天下官绅竞相到辅臣门下营求私利的局面，他的亲信和门客乘机大发横财，相府门前车水马龙，比集市庙会还要热闹。因为聪明圆滑，他一度很得崇祯帝的欢心。崇祯14年（1641）十月孟冬祭祀祖庙，正赶上一个风和日丽的好天气，因为此前几年的大祭祀总是气候恶劣，不是阴霾蔽日就是狂风骤起，崇祯帝大为高兴，对侍从们说：“周阁老毕竟是有福的人啊！”但仅仅靠着聪明圆滑却无法改变帝国江河日下的命运，就在周延儒以及东林诸臣同崇祯帝度过那一段亲密无间的蜜月的时候，中原和辽东两方面的战局都在急剧地恶化着，而这种险恶的局势又势必要打破那段卿卿我我的甜蜜时光。

　　在中原，李自成部自破洛阳之后军势大盛，紧接着又包围了河南省城开封。明廷调左良玉部和保定总督杨文岳部火速增援，李自成才被迫撤军。到这年七月，罗汝才因为与张献忠不和，率部与李自成汇合，李、罗联军更加强大。九月，才被从监狱中释放出来担任陕西总督不久的傅宗龙，率所部陕军与杨文岳的保定军虎大威部集结在项城附近，准备同农民军进行决战，结果中计陷入埋伏，几位总兵带兵逃窜，只剩两位总督和他们的本标营兵被重重围困在项城孟家庄。杨文岳后来逃出了重围，傅宗龙则坚守待援。援兵却不敢再同农民军作战，傅宗龙内无粮草外无救兵，宰食光了马匹之后，靠吃战场上的死尸充饥，最后在突围时被俘获，在项城县城门外被农民军杀死。

　　项城大捷之后，李自成开始自称“闯王”，成为农民义军中势力最强、影响最大的一支队伍。十一月，李自成攻克南阳，处死明宗室唐王朱聿镆，横扫豫西南、豫中各州县。十二月，李自成和罗汝才第二次围攻开封。河南全省支离破碎，黄河以南地区的州县“父母官”或是被杀，或是弃印逃亡，新被任命的全都畏缩不敢赴任，已经没有几个州县真正在明王朝的统治之下了。

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