审计处罚权是审计机关的重要权限之一，实践中审计处罚存在的问题较多，如定性与处理处罚依据混淆，处理处罚依据引用不当，未按《行政处罚法》处罚等。审计处罚是行政处罚的一种，必须要遵守《行政处罚法》的规定。笔者认为审计机关实施审计处罚权要在以下几个方面注意遵守《行政处罚法》的规定：

　　 一是法律、法规、规章以外的其他规范性文件不能设定处罚。如审计机关常用的国办发“小金库”文不属规章范畴，该文虽设定了处罚，但审计机关不能以该文的规定对被审计单位进行处罚，否则就违反了《行政处罚法》的规定。对此，审计署专门发文批复要求审计机关对“小金库”行为的处罚不能再适用“29号”文。当然，目前的法律未对处理做出限制，其他规范性文件是可以依法设定处理的，因此，审计机关可以依据其他规范性文件进行处理。

　　二是行政处罚的实施机关要合法。行政处罚的实施机关包括行政机关，如审计机关、法律法规授权的组织和受委托的组织。《行政处罚法》第十九条规定：“受委托组织必须符合以下条件：（一）依法成立的管理公共事务的事业组织；（二）具有熟悉有关法律、法规、规章和业务的工作人员；（三）对违法行为需要进行技术检查或者技术鉴定的，应当有条件组织进行相应的技术检查或者技术鉴定。”可见委托处罚也要有法律法规的规定。会计师事务所是中介机构，不是管理公共事务的事业组织，不符合受委托行政处罚组织的条件，审计机关不能把审计处罚权委托给会计师事务所。

　　三是《行政处罚法》第二十九条规定：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。法律另有规定的除外。”同样，审计违法行为二年内未被发现的，审计机关只能进行审计处理，而不能实施审计处罚，审计人员对这一规定都很清楚，但审计执行中仍有问题。如在某单位2008年财务收支审计中，审计机关发现了被审计单位的“小金库”，这一小金库从2004年开始就已形成，审计人员人为地把“小金库”分为两年前的即2004—2006年的金额和两年内的2007—2008年的金额，并仅对两年内“小金库”金额进行处罚，而对两年前的金额进行处理。这就是对“二年”的误解，准确地说是对审计处罚时效计算的误解。《行政处罚法》第二十九条第二款规定了行政处罚时效的计算：“前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”这就是说，对二年期限的计算方法有三种情况：第一，行政违法行为没有连续或者继续状态（即违法行为一次完成）的，从违法行为发生之日起（至发现之日，下同）计算，超过二年不再处罚。第二，行政违法行为有连续状态的，从行为终了之日起计算，超过二年不再处罚。第三，行政违法行为有继续状态（即不间断的持续状态）的，也从行为终了之日起计算，超过二年不再处罚。本案被审计单位从2004年至审计时都存在“小金库”，表明该违法行为一直在持续，还没有终了，因此，这几年的“小金库”违法行为都是在“二年”内，都要处罚。