1994年以来，国家税务总局批准一些大企业实行汇总纳税的办法。但由于汇总纳税企业分布区域广，汇总方式不一，汇总类型多样，汇总层次和成员企业众多，实际操作较为复杂，在税收征管方面存在一些问题，必须加以完善。汇总纳税存在以下利弊：
    （一）汇总纳税的优点主要体现在五个方面
    1.可以获得延期纳税的好处。汇总纳税可以实现内部各分公司或子公司的盈亏互抵，即集团内一家企业的损失可抵消其他企业的利润。企业可利用时间性差异递延纳税时间，获取一定的税收利益。这相当于税务机关提供一笔无息贷款，有助于企业集团的发展。
    2.可以提高企业集团的风险承受能力。汇总纳税使集团内部成员之间的风险相对分散，单个成员的大量亏损可以通过集团内部其他成员当期税负减少而分担风险，这在客观上就减少了企业集团进入其他领域的风险，使得企业集团能够实现经营的多元化和全球化，从而增强企业集团在国际市场上的竞争能力，增强本国企业的国际贸易地位。由于企业集团风险承受能力强，因而可以成为市场的减振器，对经济的稳定增长起到积极作用。目前国际上著名的大企业集团均是多元化的经营，它们在经济衰退时比其他中小企业更易生存，体现出很强的市场风险承受能力。
    3.企业集团内股利收入可从应税收益中全部抵扣，不存在根据税率差异补税问题。
    4.有利于加强总公司或集团母公司对成员公司所得税申报、缴纳等方面的监管力度，使各成员公司在履行纳税义务方面更加规范自觉。
    5.对税务机关而言，则是可以减少征收对象，降低税务机关征收管理的复杂性，减少征管层次和工作量，同时也能够保证税款及时足额入库，从而降低税收成本，提高税收征管的效率。
    （二）汇总纳税的缺点主要体现在三个方面：
    1.集团内所有公司必须使用相同的纳税年度，并且选择合并纳税方式后就很难在以后年度更改。
    2.在一定程度上会影响国家的税收收入，也容易使企业有意识地进行税收筹划，逃避同家税收。例如，现行税法规定，关联企业之间以销售资产方式进行重组，若收购单位将被收购单位作为非独立核算单位，则被收购公司实现的利润或发生的亏损，应与总公司一起合并纳税。因此，当公司盈利时，可以通过收购亏损关联公司，减少应纳税所得，从而达到少纳税或不纳税的目的。
    3.汇总纳税在技术处理上比较复杂，需要辅之以先进的监控审核手段，有可能会增加税收成本。